阴茎变黑的原因常见包括青春期发育、摩擦作用等，还可能与遗传因素有关。如果是渐进式的正常生理变化，一般无需担忧。
1、青春期发育：在男性青春期时，体内激素水平发生显著变化，雄激素分泌增多。雄激素具有刺激黑色素细胞活性的作用，阴茎部位的黑色素细胞在雄激素的影响下，开始大量产生黑色素。随着黑色素的不断积累，阴茎的皮肤颜色逐渐变深变黑，是男性性成熟过程中的正常生理现象。
2、摩擦作用：阴茎皮肤在日常生活中会受到多种摩擦。比如衣物的摩擦，尤其是紧身衣物，会对阴茎皮肤产生持续的刺激，性生活过程中，阴茎与阴道壁的摩擦也较为频繁。摩擦会促使阴茎皮肤的角质层增厚，进而刺激黑色素细胞，导致黑色素合成增加并沉积，使阴茎颜色变黑。
3、遗传因素：遗传在阴茎皮肤颜色方面起到一定的作用。如果家族中的男性成员普遍具有阴茎皮肤颜色较深的特征，那么个体遗传到这种特征的可能性较大。遗传基因决定了个体皮肤中黑色素细胞的基本特性，包括黑色素细胞的数量、对刺激的反应程度等，从而影响阴茎皮肤的颜色。
如果阴茎颜色，如突然发生明显变化或者伴有其他异常症状，包括疼痛、瘙痒、肿胀等，应及时就医检查。日常应保持阴茎清洁卫生，穿着宽松舒适的衣物，避免过度摩擦阴茎皮肤。